1949年是沈從文的一個重要關口：他轉入了在歷史博物館三十年的日子，一生由此斷然分成鮮明的兩段：文學創作和文物研究。事隔多年，沈從文的夫人張兆和在北京崇文門寓所平靜地回憶道：

1949年二三月，沈從文不開心，鬧情緒，原因主要是郭沫若在香港發表的那篇《斥反動文藝》，北大學生重新抄在大字報上。當時他壓力很大，受刺激，心里緊張，覺得沒有大希望。他想用保險片自殺，割脖子上的血管……

而沈從文在一封未寄出的長信中談及在革命大學心情：“……聽李維漢講話說，國家有了面子，在世界上有了面子，就好了，個人算什么?說得很好，我就那么在學習為人民服務意義下，學習為國家有面子體會下，一天又一天的沉默活下來了。個人渺小得很，算不了什么的!”他在信中連續四次說到“個人渺小”。對沈從文相知較深的老同事史樹青回憶，沈先生的脖子上有刀割的痕跡，但他后來一概不談自殺之事。

歷史博物館及國家文物局歷任領導對沈從文的“轉業”充滿復雜而微妙的情感。老同事楊文和說：“館里有一段對沈先生不好，沈先生情緒低落。沈先生要什么不給什么，沈先生要一間辦公房，館里就是不撒口。我曾聽一位副館長說，‘沈從文，哼，鴛鴦蝴蝶派!’”

在原歷史博物館副館長陳喬的記憶中，歷史博物館的幾任領導都把沈從文看成是“統戰對象”：“張文教是館里第一任書記，50年代初就到了館里。他看不起舊知識分子，對沈從文這樣的專家不太客氣，動不動就訓人一頓，訓得太嚴。而且張經常詐人，讓人交待歷史。”

在那漫長的歲月里，我們很難從沈從文的口中、筆下得到他對領導的意見。他是一個沉默的人。只是到了1968年“大批走資派”的年代，我們才在沈從文的檢查稿中讀到那樣的激憤：“這是誰的責任?我想領導業務的應負責任。他本人對文物學了什么?只有天知道!說我飄飄蕩蕩不安心工作，到我搞出點成績，他又有理由說我是‘白專’了。全不想想直接領導業務，而對具體文物業務那么無知而不學，是什么?”

1959年1月8日是沈從文五十八歲的生日，這一天他在故宮陪三十多個年輕美術學生看了一天綢緞和陶瓷，非常疲累，他給云六大哥寫信，信中說：“我總深信只要工作對國家整個向前有益，也就夠了。個人吃點虧或生活寂寞些，都無妨。”他此時最大的感嘆是，“沒有一個真正知道我在為什么努力的人”。

“文革”初期，沈從文終于沒有躲過去。面對滿墻大字報，極為憂愁地告訴史樹青：“臺灣罵我是反動文人，共產黨說我是反共老手，我是有家難歸，我往哪去呢?”

讓沈從文震驚的是，寫大字報揭發最多的居然是他曾經幫助過的范曾。范曾寫道：“(沈從文)頭上長膿包，爛透了。寫黃色小說，開黃色舞會。”沈從文在一張大字報中用了八個字來表達觀后感：“十分痛苦，巨大震動”。

“文革”期間與沈從文過從甚密的黃能馥、陳娟娟夫婦說：“那時，范曾畫了一個屈原像。沈先生看后，還是善意地指出一些服飾上的錯誤。范曾指著沈先生說，“你那套過時了，收起你那套。我這是中央批準的，你靠邊吧。”記得那是冬天，下著大雪，路上很滑，沈先生走了一個多小時到我們家。他氣得眼睛紅紅的，一進門就講了范曾的事情。他說，‘一輩子沒講過別人的壞話，我今天不講，會憋死的。’”這是沈從文晚年最慘痛的一件事情，后來他再也不提范的名字。

沈從文跟陳喬、史樹青他們一起關進牛棚，挨斗挨批之余，就是清掃廁所，拔草。有時發呆地看著天安門廣場人來人往的景象，然后回過頭對史樹青說：“我去擦廁所上面的玻璃。”常去探望的林斤瀾描述道，臨近生命終點的沈從文常常一個人木然地看著電視，一坐就是大半天，無所思無所欲。有一次，沈從文突然對汪曾祺、林斤瀾說了這么一句：“我對這個世界沒什么好說的!”