公元1376年，明朝太祖年間，邊疆海域海盜倭寇泛濫，特別是興化府（今福建莆田市）一帶更是猖獗，海盜成群，甚至有的公然搶劫官船，雖然后來朝廷鎮壓不斷，但仍不能根除。

話說一日，海波蕩漾中，一個中年漢子在海面上隨著波浪浮浮沉沉，他雙手死死的抓著一塊破木板，一個三歲左右的小男孩閉著眼在那木板上躺著，小男孩面容酷似那中年漢子，只是中年漢子國字臉，濃眉大眼的一看便是漢人，而那小男孩卻是棕色頭發皮膚稍黑，看起來竟然是個混血兒。

中年漢子名叫海大貴，興化府人，是個水手，常年跟隨大船出海，一次遠航期間，海大貴跟隨的貨船行駛到印加的也利客（今印度孟買）海域時遭遇海盜襲擊，雖然最終擊退了海盜，但貨船受損嚴重，已經不能再遠航，船主只好在當地另買了一小型貨船，因為船小人多，船長只好拉著剩下健全的水手返航。而海大貴等人因為不幸負傷，船主支付給他們大量的補償金后離他們而去，走時讓他和其余的七名受傷水手一起在當地養傷，并承諾不出兩年就回來接他們回國。

海大貴便在也利客住了下來，并認識了一名當地女子可露當娜，當娜照顧他無微不至。海大貴等了兩年也沒見船主來接他回國，他的身體也早就恢復了健康，海大貴在又等一年未果后便和可露當娜結了婚，第二年更是生了一對龍鳳胎。

海大貴給孩子取的漢人名字分別是海龍和海鳳，因為不便，所以孩子也還有當地人的名字，男孩叫沙魯克，女孩叫卡爾維。

又過了三年，孩子們都三歲了，海大貴終于忍受不了對家的思念，毅然帶著老婆孩子踏上了回國之路。海大貴乘坐的還是貨船，這是一艘當地人的商船，運送當地的特產和大量的珠寶金器去中國換取絲綢瓷器。船在順利航行了一個月后終于快要抵達興化府，想著再有一天便可見到家中父老，海大貴激動的眼淚縱橫。但是天不遂人愿，就在這時他們的船不幸遇到了海盜，因為彼此裝備差距，最終海大貴所在的船只被擊中，海大貴抱著兒子更是在驚慌失措的人群中與妻子失散，他的妻子懷里抱著女兒海鳳。

海大貴遠遠的看到海盜登上貨船燒殺搶掠，于是抱著兒子跑下船艙，躲在最下面雜物室陰暗的角落里，聽著船上面人們的呼喊慘叫聲，海大貴強忍者沖出去找尋妻女的沖動，把兒子的頭埋在胸前等待著海盜們的離去。漸漸地船上喧嘩聲越來越小，海大貴慢慢抱著兒子爬上了甲板，甲板上亂糟糟的，到處都是死尸，鮮血流滿了甲板，海大貴怕未走遠的海盜發現不敢直起身來尋找妻女，于是爬在死尸中扒拉著，死尸中多為男性，婦孺的尸體幾乎沒有，看來婦孺是被海盜擄走了，海大貴這樣想到，但海大貴不死心，仍堅持尋找。

就在海大貴找尋妻女時，只聽“轟”的一聲，接著船猛的晃蕩了一下，船便慢慢往下沉。“不好，海盜要把船打爛到海底。”這是大貴最后的想法，因為恰巧又一顆炮彈落在他身邊不遠處，這顆炮彈直炸的他和兒子連著一些碎木、尸體飛了起來。在空中大貴便吐血暈了過去，“噗通”落水后被灌了滿鼻子水后他又恍惚著醒來，醒來后發現懷里的海龍不見了，這可嚇壞了大貴，他一個猛子扎下水去，終于在眾多尸體中找到了小海龍，可是海龍已經震暈了過去，口鼻溢血。海大貴找來一塊破木板，把海龍放在上面，顧不得再找尋妻女，朝著記憶中興化府的方向游去。

大貴在海上漂了一夜，漸漂漸游，期間兒子醒來一次，只是喝了些海水后便又昏死過去，大貴心里焦急卻無可奈何，只得拼命的游著。就在大貴累的漸漸失去意識，以為自己父子要命喪南海時，一個老漁夫發現了他們倆，把他們救了起來。

大貴昏睡了三天三夜才悠悠醒來，醒來后看到一位老人正在喂食兒子湯水，大貴心里總算踏實了，他為了孩子一直在強撐，這會總算可以放下心來，誰知剛放松身體便難受的咳嗽起來，一咳便停不下來，甚至咳出了血。老人聽到咳嗽便走過來對其說道：“你在海水里太久了，又過度累乏，寒氣入體，只怕……”大貴心知自己難過此劫，于是從脖子上摘下一個海馬龍玉佩對老人說：“我命不久矣，老人家，我姓海名大貴，那是我兒海龍，我們遭遇了海盜，我的妻女更是下落不明。希望老人家幫我將孩子送至南溪鎮海家村家父海原平家中，就說孩兒大貴不孝，困至異域六載有余，來世再報父母養育之恩。”老人含淚答應。大貴又指了指海馬龍玉佩說：“這是我的護身符海馬龍玉佩，我內人的是一塊海馬鳳玉佩，望老人家將海馬龍玉佩一并送至我家，我大貴感激不盡……”說完便垂下手臂，闔上了雙眼，一滴晶瑩的淚滴緩緩滑落。

海龍在老漁夫的照顧下漸漸好了起來，后來身體無大恙后老人便帶著他去了南溪鎮海家村，只是大貴口中的家已經荒廢許久，聽村里人說海原平夫婦在兒大貴出海未歸兩年后便抑郁而終。老漁夫沒辦法，只好把海龍帶回自己家，老人看海龍生的可愛便當做親生兒子一樣照顧……

轉眼過了十七年，老人也已經把海龍撫養成人，長大后的海龍更是英俊異常，棕色的頭發，棕色的眼睛很是吸引人，很多女孩子都很喜歡他，但海龍今天很傷心，因為養父老漁夫過世了。海龍想起了老人對他說的話：你的父親是海大貴，十七年前你的父母帶著你和妹妹被海盜襲擊，你的媽媽和妹妹下落不明，你父親為救你而死，這是他給你的海馬龍玉佩，你的媽媽和妹妹手里有一個海馬鳳玉佩，你要能尋到她們最好，不過我感覺她們生死未卜，希望很是渺茫啊。

安葬了老人之后，想起老人臨終的話，海龍回憶起自己小時候的那段驚恐記憶，他緊緊的攥著海馬龍玉佩，心里燃起了一團火，他要滅掉海盜！為父母、為妹妹報仇！

后來海龍毅然投軍做起了大明水軍，歷經五年他不斷的跟隨海師消滅一波波海盜，因為他內心的一團火，他滅起海盜來心狠手辣，軍功越來越多，軍銜也越來越高，后來更是得到興化府水師曹太尉賞識，加封為興化府水師提督。

公元1398年，明惠宗朱允炆登基，曹太尉舉薦海龍，允炆皇帝聽聞興化府南海海域海盜消除大半，龍顏大悅，大大的賞賜了海龍一番，封其為興化府南海將，官拜五品。

第二年，海龍率軍前往南海一個名為海鷗島附近去擊殺一波海盜，這海鷗島名為島，其實只是個面積不足兩畝大的礁石，平時也就供海鷗落落腳而已。當海龍率兵趕到時卻發現那里居然有兩撥海盜在互打，其中一方較弱，旗幟為黑骷髏頭，就是海龍前來擊殺的目標。那么另外一撥海盜是誰呢？海龍遙遙看去，旗幟上是一個大紅鳳凰，那鳳凰仿佛引頸長鳴般，這只海盜正是遠近聞名的紅鳳凰海盜，他們在南海專劫奸商貪官貨船，人們稱其為“義匪”。傳聞紅鳳凰海盜的大頭領是個美女，只是她一直蒙著臉，誰也不知道到底有多美。

海龍雖然欽佩紅鳳凰的為人，但官盜難和，再好也還是海盜，只要是海盜就要鏟除，這就是海龍的想法。于是海龍便按兵不動，靜等他們互斗相爭，結果不出意料，黑骷髏大敗而逃時被紅鳳凰追上擊沉。于是海龍便追擊而上，他不認為這樣有失大義，對于海盜何義可言。

話說紅鳳凰看到后銀牙暗咬，惱怒而逃，雙方你追我趕，海龍緊緊咬著紅鳳凰的船只不放。最后實在忍受不了，紅鳳凰毅然調頭決戰，于是雙方便激戰開來，這仗打的天昏地暗，最終雙方僅剩旗艦船在戰，紅鳳凰抓住時機一炮將海龍旗艦側身打出大洞，船身傾斜緩慢下沉，數十官兵在海龍的號令下，面色堅毅不帶懼色堅持還擊，最終也將紅鳳凰旗艦打沉。

落水后海龍攀上一塊木板，看到不遠處的紅鳳凰眼噴怒火，紅鳳凰剛從水里出來便看到海龍，眼神狠厲間抽出隨身細劍，而海龍也抽出隨身佩劍，兩人又乒乒乓乓斗了起來，正打的難分難解之際，他倆身邊突然出現了一個漩渦，原來船身下沉引發了一個海漩渦，驚呼聲中紅鳳凰被卷入其中，可是一只手一下子拉住了她，紅鳳凰回頭望去，居然是海龍，只是海龍的力量無法與海漩抗爭，最終雙雙被卷入海中，在海中紅鳳凰和他緊緊的握著彼此的手，這時候他們沒有了仇恨敵視之心，他們倆慢慢向海底沉去。就在他們以為必死無疑時，突然海龍脖子上的海馬龍發起了亮光，而紅鳳凰脖子上也亮起了光，光線中出現一個女神，女神踏在浪上，右肩有一只雪白的鴿子，手握海馬龍法杖，他們驚奇的發現他們不再下沉，竟然還能在水中自由呼吸，“啊，這不是和平女神艾琳娜嗎？她是真善美和平女神，原來媽媽跟我說的是真的，女神真的存在啊！”紅鳳凰驚喜道。

突然一陣眼花繚亂，他們竟然到了一處沙灘上，和平女神艾琳娜在空中對他們說道：“海龍，海風，你們的遭遇我已知曉，現在只要你們兄妹二人齊心和睦，方可離開這桂枝島。”說完便消失不見。“兄妹？”兩人同時喃喃自語，他們彼此望向對方，紅鳳凰緩緩摘下臉紗，彼此的瞳孔中映射出幾分相似的面容，他們同時喊道：“哥哥（妹妹）！”只見那女子跟他一樣膚色稍黑，眼瞳棕黃，正是自己失蹤二十多年的妹妹海鳳啊。

后來聽妹妹說了經過，他才知道母親和妹妹受了多大的苦楚。原來那次在人群眾走散后，他們的母親抱著海鳳被海盜擄走到了海盜的藏身島上，海盜頭目獨眼龍貪艷其母異域美色，強行霸占了她，他們的母親擔心才三歲的海鳳只好忍受海盜的欺侮，后來海鳳長到十三歲，容貌更勝其母，獨眼龍便想對海鳳伸其魔爪，最后居然被聰明的海鳳設計殺死，而海鳳因為眼見其母日夜以淚洗面，早已心智成熟堪比成人，更是從小便在島上習武，殺了海盜頭目后海盜們分崩離析各自為政，海鳳便舉旗獨樹一幟，以其過人的才智和武功招攬了大批手下，漸漸吞噬其他海盜最終成為南海較為出名的“紅鳳凰”海盜。

她們的母親在看到女兒的成就后欣然自殺，死前留下遺書告之海鳳身世，并讓其找尋父親海大貴和哥哥海龍，而她自己則無臉面對大貴只好以死謝罪。母親還告訴她，海馬鳳玉佩有神奇的魔力，象征著東西方的文化融合，也象征著她和大貴的愛情。當海馬鳳和海馬龍相遇主人有難時，會有一位和平女神相救，于是便把海馬鳳送給海鳳以做護身符，要其貼身收藏。

海龍聽后痛哭流涕，也將父親死訊告之妹妹，兩人齊聲痛苦，雙雙面向大海拜倒，祭奠已故父母。就在他們拜倒之際，周身熒光閃閃，兩人便消失不見，等他們睜開眼發現居然到了海龍的府邸，于是便再次拜謝女神艾琳娜。

后來海龍被調入京城面圣，海鳳也跟著去了，明惠宗朱允炆看到海鳳后非常喜歡，便招為嬪妃。后來明成祖朱棣叛亂，率軍殺入皇宮，海龍海鳳兄妹拼死保護……